Czasopismo logistyka i transport publikuje materiały w czterech działach tematycznych:

a) logistyka
W ramach tego działu prezentowane są wyniki badań naukowych dotyczące wszystkich zagadnień związanych z logistyką. Dział ten charakteryzuje szerokie ujęcie tematu i podejmowane są na jego łamach przede wszystkim zagadnienia związane z nauką o zarządzaniu i organizacją pracy związanej z przepływem materiałów i informacji w łańcuchu dostaw.

b) transport
W ramach działu tematycznego transport w obszarze zainteresowania są zarówno kwestie transportu towarowego jak i osobowego. Dział ten podejmuje wszelkie zaganienia organizacji transportu jak i jego otoczenia. Duża wagę zwraca się na wpływ i skutki transportu na inne obszary działalności człowieka jak i aspekty ekologiczne związane z realizacją transportu.

c) infrastruktura logistyczna
Dział ten obejmuje tematykę związaną z utrzymaniem technicznym systemów logistycznych i transportowych. Dominującymi zagadnieniami tego działu są: infrastruktura transportowa, przeładunkowa, magazynowa, lecz spektrum zainteresowania jest znacznie szersze obejmując np. infrastrukturę informatyczną i narzędzia komunikacji (np. EDI).

d) edukacja logistyczna
Dział ten jest odpowiedzią na oczekiwania czytelników którzy w dużej mierze będąc pracownikami naukowymi prowadzą działalność dydaktyczną. Na łamach tego działu publikowane są prace poświęcone nowoczesnym metodom kształcenia logistyków oraz osiągnięciom dokonanym na tym  obszarze.